Após a morte de seus pais, a herdeira foi enviada para Roma, onde casou-se com Juba II de Mauritânia
Poucos conhecem sua história, mas a Cleópatra Selene II foi filha da grande faraó, Cleópatra, com o general Marco Antônio. Além disso, acredita-se que a herdeira da Rainha do Nilo tenha enfrentado alguns contratempos ao longo da vida, desde a morte de seus pais até seus últimos anos.
Nascida em Alexandria no dia 25 de dezembro de 40 a.C., Cleópatra Selene II era irmã de Alexandre Hélio e Ptolomeu Filadelfo, filhos de Marco Antônio e Cleópatra. Como seus pais tiveram relacionamentos que antecederam o matrimônio, Cleópatra Selene II teve outros vários meios-irmãos. Cleópatra, por sua vez, teve um filho com Júlio César, conhecido como Cesarião. Já Marco Antônio teve vários filhos, e entre eles se destacam Antônia Maior e Antónia Menor.
A pequena Cleópatra Selene II, aos 7 anos de idade, foi nomeada rainha de Cirene pelo seu pai durante as Doações de Alexandria. A notícia dessas doações contribuiu para arruinar de vez a relação entre Marco Antônio e Otávio — o fundador do Império Romano — culminando em uma guerra civil.
Após a morte de seus pais, Cleópatra Selene II e seus irmãos, Alexandre Hélios e Ptolomeu Filadelfo, foram capturados por Otávio. Na ocasião, os herdeiros tentavam fugir para Tebas, quando foram surpreendidos pelas tropas do imperador. Posteriormente, foram levados à Roma e expostos no cortejo triunfal.
O imperador determinou que Cleópatra Selene II e seus irmãos fossem educados em Roma por Octávia, sua irmã. Sob as ordens de Otávio, a tutora dos jovens órfãos ficou responsável pela educação romana dos filhos de Marco Antônio e Cleópatra.
Entre 26 e 20 a.C., Otávio apresentou o rei erudito Juba II de Mauritânia à Cleópatra Selene II. O rei africano também era órfão da guerra e havia crescido em Roma. Otávio, por sua vez, viu uma boa oportunidade em juntar os jovens, que se casaram e reinaram em Cherchell, na Argélia.
Como presente de casamento, Otávio ofereceu um grande dote sobre Cleópatra Selene II e a designou como a rainha de Numídia. Tal fato tornou a filha de Cleópatra e Marco Antônio uma uma grande aliada de Roma e, consequentemente, de Otávio.
No entanto, o recém-casal reinou por pouco tempo na Numídia, pois o povo se voltou contra os valores e costumes romanos impostos por Juba II. Logo depois da rebelião, mudaram-se para a Mauritânia, onde batizaram a capital com o nome de Cesareia — atual Cherchell, na Argélia — em homenagem ao imperador.
O casal teve um filho, Ptolomeu da Mauritânia, que foi brutalmente assassinado a mando do imperador Calígula, seu primo. Além disso, tiveram uma filha, cuja identidade é desconhecida — sendo chamada de Drusila por alguns historiadores e Cleópatra por outros.
Nos anos seguintes, Cleópatra Selene II teve grande influência na política do marido. Tal fato contribui para trazer prestígio ao reino, por meio do comércio pelo mar Mediterrâneo. No entanto, a herdeira veio a falecer aos 45 anos, em Cherchell, na Mauritânia.